Насколько я понял из описания, вы хотите "нарезать" место на клиентских компах и сделать из них некое подобие распределённого хранилища с общей точкой входа? Это "из коробки" вряд ли. Но вы хотите также (если опять я правильно понял), чтобы клиент просто видел в общей папке папки отделов, но при этом сами папки не находились на одном сервере - это думается возможно. Я не большой спец по dfs, но делал нечто подобное для быстрого доступа филиалов к разнесённой по городам конструкторской базе. Вам нужно создать dfs-имя, скажем "Документы", в нём пространства имён, скажем "Отдел разработки", "Финансы" и уже в них определить сами конечные папки на физические хранилища - это могут быть как серверы, так и сами пк сотрудников (обычные общие папки). Без репликации по умолчанию - затем настроите между серверами/компами как хотите. Для клиента это будет выглядеть так - открывая папку "\\firma.ru\документы\финансы" он фактически и прозрачно открывает папку с ближайшего (при настроенной репликации) к нему сервера/пк. Сюда можно ещё и branchcache прикрутить, если клиенты не старше vista.
Опять же - если я правильно понял задачу.