Вы масштабируете картинку командой: scale=w=0.25*iw:h=0.25*ih.
Данной командой она масштабируется ровно на 25% от исходного значения.
Уберите данную команду совсем, а картинку-вотермарк сделайте так чтобы её размеры совпадали с размерами видео на которое вы её накладываете (естественно само изображение водяного знака может быть как на весь экран так и например и меньшего). Данная операция убыстрит работу программы, т.к. не потребует операции масштабирования.