Главный недостаток, это отсутствие готового решения для задач.
Однажды с приятелем проверили. Нужно было сайт сделать для передачи файлов. Он на Drupal, а я на Modx. Он сделал быстрее. Мне пришлось брать готовый модуль и переписывать под свои нужды.
Если брать CMS то во многих после установки вы уже видите сайт. Меню станицы и т.д. Тут же после установки вы видите пустую страницу.
На modx работаю давно, есть некоторое количество сайтов. Даже интернет-магазин.
Скажу так на modx управление и разработка среднего сайта и в дальнейшей поддержки удобна, но дольше.