Решение было любезно предоставлено в комментариях пользователем
pcdesign.
Чтобы из базы данных читалась нужная кодировка был использован следующий вариант метода pymysql.connect():
db = pymysql.connect(host='localhost',
user='myuser',
passwd='welcome',
db='mydb',
charset='utf8')
Это решило половину проблемы – теперь из базы всё читалось как надо, но flask отображал юникодовские символы просто выводя их код. Чтобы решить эту невзгоду был применен следующий подход:
app = Flask(__name__)
app.config['JSON_AS_ASCII'] = False
С этого момента flask.jsonify начал отдавать кириллические символы такими какие они есть.
