Как лучше организовать версионность документов в yii2?

Шутите? Ни в коем случае так делать нельзя, тем более для таблиц с миллионами записей!

Естественно надо делать вторую таблицу.

А новую модель наследовать от первой. Учите ООП и будет вам счастье.

Пример:

// Обычная модель для работе с обычной таблицей
class News extend ActiveRecord
{
public static function indexName()
{
return '{{%news}}';
}
}

// Модель для работы с архивами
class ArchiveNews extend News
{
public static function indexName()
{
return '{{%archive_news}}';
}
}

Естественно весь функционал модели News будет доступен и справедлив для ArchiveNews. Останется только где-то переписать / расширить некоторые методы для работы с новым полем 'original_id'.

В частности правила и лейблы.