Работодатель, как я понял, настроил мне туннели через мой роутер (извиняюсь, если криво пишу). Может ли работодатель отслеживать мой трафик?

Полностью такое исключить нельзя. И кстати если так сделано без уведомления, работодателя можно серьезно взгреть по 152 ФЗ, если очень захотеть и запариться. Правда себе от этого никакой пользы не получишь.