Вы можете хранить файл с настройками .encfs6.xml на локальном диске, например, и монтировать хранилище следующим образом:
ENCFS6_CONFIG=/path/to/encfs6.xml encfs /path/to/encrypt /path/to/decrypt
Если такой вариант исключен, можете усложнить взломщику анализ данных, используя опцию --anykey, когда в одной encfs-директории вы можете хранить неограниченное кол-во файлов (наборов файлов), каждый из которых зашифрован уникальным паролем.
А так, у encfs достаточно уязвимостей и без слабости вашей парольной фразы. Вот результаты последнего аудита безопасности:
www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=38869