Если данные напрмую писались в регистр, то такое же прямое удаление внешней обработкой
Если с помощью проведения документов, то в модуль проведения включить проверку, например, по константе типа дата, отвечающей за ненужность движений с такой-то даты. Далее перепроведение документов задним числом и регистр чистый. Останется только сжать базу средствами скуля.