Почему зависает система наглухо и stress-ng?

Попробуйте atop. Он сохраняет статистику по разным ресурсам в системе и потом можно посмотреть (по умолчанию пишет в /var/log/atop). Так же если система используется только как сервер (т.е. вы за ней не работаете) то не запускайте Xserver и для теста выньте видяху если она не используется в виртуалках. Если memtest вы ставили гонять на ночь то верить можно - если пару часов то всякое может быть (надеюсь железо не разгоняли).
По поводу hdd - начинайте искать новый, т.к. появились битые сектора и это как бы не лечится, будет только усугубляться пока в один момент всё не потеряете

Ну и самое долгое, надёжное средство - замена по одному компоненту и ждать пока фриза снова не будет