PigData

Предложу варианты отличающиеся от озвученных, возможно это сложнее и скорее для общего развития:

1. Просто хранить Json построчно в поле с типом json

2. Если надо раскидывать json по полям, можно создать поля таблицы которые будут автоматически записываться из поля json, примерно так

`firstname`  VARCHAR(255) GENERATED ALWAYS AS (`json` ->> '$.firstname') STORED NULL,

3. Можно просто сконвертить JSON в CSV (5-6 строчек кода) и вставить стандартными средствами. На больших файлах при вставке через консоль может получиться и выигрыш во времени.

Если не говорить про валидацию как минимум я бы заменил

if (isset($_POST['username']) &&
    isset($_POST['email']) &&
    isset($_POST['password']))

на

if ( $_POST['username'] && $_POST['email'] && $_POST['password'] )

а лучше на

if (trim($_POST['username']) && trim($_POST['email']) && trim($_POST['password']))

Настоятельно рекомендую использовать тип поля JSON. Доступно начиная с MySQL 5.7