Захар Сторожук

Сам не сталкивался с таким ибо не использую Linux, но помню встречал такие вопросы.

Необходимо переустановить загрузчик GRUB. Копайте в эту сторону, ведь именно он отвечает за загрузку ОС на вашем PC.

Проще просто средствами PHP узнать вес файла который качает юзер и прибавлять эти данные в БД.