Perfecto Web

Лучший вариант исправить генератор карты. Плохо для поисковиков не будет, он будет индексировать страницу и игнорировать дубль в sitemap.

А для вас будет плохо тем, что зайдете в консоль, увидете загружено 1000 проиндексировано 200. Не сможете узнать какая доля идет на дубли, а какая просто не проиндексировалась по другим причинам.

Да, и в вашем варианте не должно быть проблем. Как минимум можете добавить в webmaster google и через короткое время он покажет какие файлы считал.

А для каких целей именно двойная вложенность? Посмотрите такой вариант: ru.evelito.com/sitemap/sitemap.xml
Он у нас проиндексировался более чем на 30% (в сумме там 2.550.000 ссылок) за месяц с лишним.

Необязательно, чтобы основной файл был в корне. Просто добавьте в robots.txt или в панель вебмастера поисковых систем и все.

<sitemapindex xmlns="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9">
<sitemap>
<loc>https://evelito.com/sitemap/sitemap-cc-ru-10.xml.gz</loc>
<lastmod>2019-08-04T06:08:04+03:00</lastmod>
</sitemap>
<sitemap>
<loc>https://evelito.com/sitemap/sitemap-cc-ru-27.xml.gz</loc>
<lastmod>2019-08-04T06:08:04+03:00</lastmod>
</sitemap>
<sitemap>
<loc>https://evelito.com/sitemap/sitemap-cc-ua-3.xml.gz</loc>
<lastmod>2019-08-04T06:08:04+03:00</lastmod>
</sitemap>
</sitemapindex>