Я сталкивался с подобного рода проблемой при таком выводе шорткода.
echo do_shortcode( '[faq lang = "EN", id = "1,2,5"]' );
"]' - конкретно проблема из-за этого. Рядом стоят две кавычки. Не знаю как это работает, но смотрите в этом направлении. Мне помогло замена двойной кавычки на одинарную. В PHP тоже не силен)