Стандартным git консольным все конфликты при merge разруливаются. Всё что может git сливает сам. А там где разногласия делает пометки в файле типа вот так в твоей ветке вот так в мастере. Дальше руками убираешь пометки, и делаешь как должно быть. Сохраняешь git add . Коммитишь git commit -m "merge commit" и всё.