Если вопрос еще актуален -
- для панели Remote Host:
жмем многоточие вверху панели ->
открываются настройки ftp соединения ->
внизу разворачиваем дополнительные настройки (Advanced) ->
ставим галочку SHow and Process hidden files
- если в дереве проекта не отображаются:
жмем сверху названия проекта шестеренку ->
ставим галочку Show Excluded Files