Евгений Иванович

Скриптовые языки поддаются обфускации, посмотрите в этом направлении, а так лучше конечно писать модуль, но и на модули могут найтись свои умельцы. )

Попробуй вот это
Как реализовать таймер и интервал в Python3?

Python решает практически любые задачи, по отношению к луа там огромнейшее кол-во библиотек и разного рода реализаций, когда Lua сама по себе чистая ВМ с минимальным функционалом (lua pipe, io и тд). Для встраивания лучше использовать Lua, потому что в ней нет ничего лишнего.

Java не устареет. Есть порты питона под джаву (Jython), если прям хочется писать на питоне, пожалста, включайте в проект, делайте загрузчик и радуйтесь. Но это в какой-то мере скажется на производительности.

Ссылка на страничку загрузки >ТЫК<

Для написания нативных функций используют C++/Java Native Interface, под Джавой нативных приложений не пишут! Прочтите об устройстве Java VM.

Это возможно связано с тем что индексирование символов обрезает длинну буквы. Попробуй-те проитерировать строку и вывести содержимое через foreach