Скорей всего поздно, но отвечу для потомков :-)
Я с таким сталкивался. И обычно в свойствах исходного файла частота кадров разнится от стандартов. (30.03 fps, на пример). Думаю такое случается, когда в камере стоят настройки автоматической частоты кадров.
Я кодирую видео в конверторах, которые не принадлежат Adobe (не буду называть какие, чтоб не рекламировать. Я пробовал разные и почти все справились). Кодирую в ближайший фреймрейт к исходнику (Например: Исходник 30.03 fps я кодирую в 30 итд).
Затем, у меня, всё прекрасно работает.
