Если вам нужно переустановить систему так, чтобы загрузчик оказался на диске 2, а сама система на диске 1, то я предлагаю сделать следующее:
1. Вытащить диск 1.
2. Установить систему на диск 2. Загрузчик установится на тот же диск.
3. Вставить диск 1.
4. Установить систему на диск 1. Установщик увидит, что в компьютере уже есть раздел с загрузчиком и добавит новую систему в него.
5. Загрузиться в новую систему - при запуске должно появится бут-меню с двумя windows 10, надо угадать какая из них на диске 1 и выбрать ее.
6. Убрать систему на диске 2 из BCD. Можно попробовать BOOTICE, "конфигурацию системы" или bcdedit /delete. После этого в загрузчике останется одна система (по идее загрузчик отображаться после этого не будет).
7. Удалить все разделы, кроме раздела загрузчика с диска 2 (их должно быть 2 или 3 - основной, MSR и recovery). Разделы кроме основного нельзя удалить через управление дисками, используйте сторонние утилиты.
8. Создать на диске 2 обычный раздел на весь диск.
Note: я не проверял, сработает это или нет, но когда я один раз ставил систему на новый ssd, не отключив старый hdd, то загрузчик на ssd не установился, и когда я отключил hdd, система перестала загружаться.
И еще: это удалит все данные и систему с обоих дисков.
UPD: если вы хотите перенести загрузчик со старого диска на новый, то это можно сделать парагоном или акронисом загрузившись с флешки.
