При этом, нет запущенных программ которые бы грузили сразу 12 потоков.
Операционке всегда есть, чем заняться :-) Так что 12 потоков вполне могут быть заняты.
"Время ядра" -- это показатель, какой процент времени за интервал измерения выполнялся код ядра (так называемый kernel mode). Т. е. всё как я юниксе: есть system time -- процессы ядра и то, что на этом уровне работает, драйвера какие-нибудь, например. И есть user time -- т. е. обычные приложения, работающие в user mode.