У ПЛИС много вариантов загрузки, наиболее простой - это загрузка из SPI флеш памяти. К компьютеру ПЛИС подключается по интерфейсу JTAG, по которому можно загрузить конфигурацию в ПЛИС или во флеш память. По включению питания ПЛИС пытается загрузиться из SPI флеш памяти, если этот режим выбран на электрической схеме с помощью подачи заданных напряжений на специальные ножки микросхемы
SPI флеш можно запрограммировать и другими способами, но использование JTAG способ более универсальный, потому что позволяет отлаживать проект ПЛИС (используя ПЛИС как логический анализатор)