Добрый день.
Пробеле из-за третьего куска регулярки, который никак не проверяет контекст в котором он находится. Если добавить негативные предпросмотры вперёд на наличие тегов, то должно получится то что Вам надо.
Проверьте вот в таком варианте
(?<=\()\b(https?://|www\.)[-A-Za-z0-9+&@#/%?=~_()|!:,.;]*[-A-Za-z0-9+&@#/%=~_()|](?=\))|(?<=(?<wrap>[=~|_#]))\b(https?://|www\.)[-A-Za-z0-9+&@#/%?=~_()|!:,.;]*[-A-Za-z0-9+&@#/%=~_()|](?=\k<wrap>)|(?<!((a\shref=\")|(img src=")))\b(https?://|www\.)[-A-Za-z0-9+&@#/%?=~_()|!:,.;]*[-A-Za-z0-9+&@#/%=~_()|]