Зависит от того как будет осуществляться доступ. Если только чтение по url без перебора - можно сложить в одну папку, но такие случаи редки, зайдёте в папку через ftp и будете огорчены сообщением об ошибке чтения.
Если есть возможность узнать к примеру дату загрузки/добавления картинки, то лучше конечно складывать по папкам, к примеру /год/месяц/
за месяц уж точно не накопится 10 000 картинок))
В любом случаи удобнее держать небольшое кол-во картинок в отдельных папках.
