Короче реализовал это так:
1. В конфиге апача сайта site.ru добавил путь второго сайта через open_basedir:
<IfModule php5_module>
php_admin_value sendmail_path "/usr/sbin/sendmail -t -i -f webmaster@site.ru"
php_admin_value upload_tmp_dir "/var/www/ssd/data/mod-tmp"
php_admin_value session.save_path "/var/www/ssd/data/mod-tmp"
php_admin_value open_basedir "/var/www/ssd/data:/var/www/hdd/data/www/dw.site.ru"
</IfModule>
2. Установил права доступа 777, всем папкам в директории: "/var/www/hdd/data/www/dw.site.ru".
Все работает! Может кому пригодится)
