Разобрадся. Для тех, кто столкнётся с той же ситуацией, вот пояснение:
Медленный здесь только я, потому что функцию создания пришельцев
engine.create_aliens_army(settings, screen, ship, aliens) я запускал в основном цикле While, из-за чего все остальные циклы выполнялись каждую наносекунду. Я перенёс вызов создания армии из основного цикла и всё стало хорошо.
Следите за тем, где вы вызываете методы.