Как лучше организовать коробочные версии продукта?

Михаил: Спасибо! Я так понял: создаю репозитории для каждой коробки, в нем будет специфичный код и подмодулем вытягиваю основное ядро? Выглядит круто, попробую днем на практике.

Исходники каких PHP-проектов лучше поизучать для примера отличного PHP-кода?

https://thephpleague.com/
Крутые пакеты, отлично написаны + тесты научитесь писать

Как лучше организовать облачную CMS?

Sanes: Спасибо, Вы спасли мне целый месяц ресёрча

Как лучше организовать облачную CMS?

Довольно простой способ, но в тоже время по моему лучший. Не могли бы Вы посмотреть на апдейт вопроса, там еще вопрос возник.