Во первых перед тем как собирать конфигурацию сервера необходимо понять что за приложение будет там работать, то что вы написали:
Сервер для приложения.Приложение написано на css3, html5, php,js.
такой информации не дает. Нужно понимать насколько приложение зависит от частоты процессора и от много поточности, для этого опишите хотя бы что оно вообще будет делать, какая будет нагрузка на это приложение. После этого уже можно прикинуть какого плана сервер Вам нужен.
Как вариант предлагаю взять платформу Supermicro. Например SYS-5018D-MTRF (
www.supermicro.com/products/system/1U/5018/SYS-501... цена в районе 1000 у.е. Но туда входит мать под 1150 сокет, блок питания 400Вт с резервированием 1+1, система удаленного администрирования IPMI, система охлаждения, + возможность установки до 4 винтов ХотСвап (в комплекте с платформой идут радиаторы под сокет этой платформы, в данном случае 1150).
Так же хотел заметить, если вы планируете пихать все в 1Ю корпус, то вам придется отказаться от куллеров которые идут в комплекте с процессорами (П.С. процессора под сокет 2011 ими не комплектуются в принципе), в данном случае нужны радиаторы и система охлаждения которая будет продумать вдоль корпуса, т.к в случае с куллером (даже если он влезет в корпус) он будет тупо дуть в крышку.
ИМХО
1) по поводу винтов, под систему вы в принципе правильно выбрали VelociRaptor, но парт старый новый вот WD5000HHTZ.
Под хранение лучше взять WD Red WD30EFRX
2)Оперативка работает на частоте процессора, можно в принципе брать больше, будет все равно работать на той частоте на которой работает проц, просто переплатите.
