Нет,
достоверно определить нельзя, при условии что через VPN будет пущен весь трафик виртуальной машины.
Но если VPN-сервер размещён где-то на хостинге, то можно по пулу адресов сделать обоснованное
предположение насчёт использования VPN. Грубо говоря:
мой трафик идёт через Amazon, с чего бы это? Это VPN, наверное.
И ещё относительно легко обнаружить, что система запущена в виртуальной машине, если это имеет значение.
