Удалось адресно решить такую же проблему, без полной замены конфигов. У меня дело было в параметре "short_open_tag". Когда он "off", код идущий после "<?" не воспринимается как php и не интерпретируется, потому что не "<?php". А как раз в конфиге встречалось "<?" и всё разваливалось)