O . J

cron не подойдет от части
разве что наколхозить и

* * * * * for i in $(seq 1 10); do echo "another 5 sec"; sleep 5; done

Ну или
*/1 * * * * /home/www/index.php
А уже в php в цикле со sleep'ами, писать в базу.

Тут есть и минусы данного подхода.
- если в какой то момент выполнения скрипта одна из итераций(или многие) немного задежится, и в сумме за цикл это выйдет >5сек, то крон запустит второй экземпляр того же скрипта, не смотря на то, что первый еще не закончил выполнение.

1. Имхо, джуну книги по бд не нужны, к тому же на русском годных книг по БД просто нету, впрочем на русском очень мало достойных книг так или иначе связанных с ИТ..по этому лучше читай документацию с офф сайта.
Ну а вообще БД в целом это громко сказано. Они бывают разные
Для начала тебе будет достаточно прочитать это.
СУБД (твой выбор)
https://habrahabr.ru/company/mailru/blog/266811/
Безсхемный подход (NoSQL)
https://habrahabr.ru/post/152477/

2. "Котлеты отдельно, мухи отдельно", все должно быть разделено, но при этом связанно.
Об этом почитай
Связи по внешнему ключу
https://habrahabr.ru/post/193380/

3. Возможно ты имел в виду какую базу данных использовать. Я бы тебе посоветовал postgresql, но будет православно если ты начнешь с mysql, т.к если возникнут вопросы то по mysql в рунете ты найдешь больше инфы.