Не надо создавать никаких bootstrap.php
В global.php или local.php в конфиге пропиши настройки соединения для Doctrine
Доступ к модулю осуществляется по пути: ./vendor/doctrine/doctrine-module/bin/doctrine-module
В твоем случае так:
./vendor/doctrine/doctrine-module/bin/doctrine-module orm:convert-mapping --namespace="Shop\Entity\\" --force --from-database annotation ./module/Shop/src/
