1. если вот этот FOR ... у тебя записан в некий bat файл и ты вызываешь этот bat файл из студии это одна ситуация, если ты из студии выполняешь команду FOR ... то это другая ситуация, и у этих двух случаях будут различия. Проще будет использовать bat файл.
2. 'git log --pretty format:"%h" -1' отдает одну строку или несколько?
грубо говоря, с 9 до 18 рабочий день. делаешь бакапы лога транзанкций с 9 до 18 каждый час. а начиная часов с 19 выполняешь все технические регламентные работы индексации, сбор статистики и тд. после чего делаешь полный бакап.
бакап лога транзакций всегда привязан к последнему полному бакапу. у тебя получится что ты перестраиваешь индексы, и обновляешь статистику, эти изменения входят в полный бакап, а бакапы лога транзакций у тебя захватывают только операции пользователей.
если перестроение индексов реально нужно, то целесообразнее прекращать делать бакапы ночью в некоторый момент, и этот же момент запускать Maintenance Plan в котором прописать перестроение индексов, обновление статистики и создание полного бакапа.