OlegTar

Ваша СУБД может поддерживать конструкцию "INSERT OR UPDATE", например, она либо вставляет элемент, либо его апдейтит, если он есть, но нужно, чтобы был уже известен айдишник.

можно также конструировать строку
$str = (условие ? 'INSERT ' : 'UPDATE ') . ''

В качестве условия можно взять проверку передан ли id в функцию.

Форейн кеи традиционно привязывают к первичным ключам.

table1
aid, name, data

table2
gid, name

table3
aid, gid

Create table table3 (
aid...,
gid...,
);
alter table table3 add foreign key aid_table (aid) references table1(aid);
alter table table3 add foreign key aid_table (gid) references table2(gid);