Ogra

1. Мухи отдельно, котлеты отдельно
Корень репозитория не должен являться корнем сайта. У репозитория должна быть своя структура — с ветками, и т.д.

2. Автоматическое обновление
Ставится post-commit хук, который после каждого коммита будет обновлять сайт. Ничего сложного в этом нету, документация в инете есть.

3. Данные
Тут уже потребуется написать пару скриптов — для снятия дампа, и для его обновления. Также может понадобиться скрипт, которые снимает лишь частичный дамп — критичный для приложения. Возможно, наилучшим решением будет специальный софт, поддерживающий БД в актуальном состоянии.

Если у вас появилось желание выучить что-то еще, могу предложить вот что:
Прочитайте статью Эрика Рэймонда «Как стать хакером», и выберите язык из предложенных там — это Perl, Python, C, LISP. Небольшая цитата:

Лучше всего, на самом деле, выучить все четыре этих языка (Python, C/C++, Perl, и LISP). Помимо того, что это самые важные хакерские языки, они демонстрируют очень разные подходы к программированию и каждый из них научит вас ценным вещам.