Во-первых, Veracrypt не обязательно шифрует целый раздел. Можно создать контейнер, который представляет собой один файл, а после расшифровки монтируется к ФС, и туда можно накидать барахла, как в обычну папку.
Во-вторых, архив с паролем - вполне надёжный метод. Он именно шифрует содержимое сильным алгоритмом, всё уприрается только в стойкость пароля.
