Поскольку на библиотеки деньги в нашей конторе выбить нереально, то реализовывал свой велосипед с шифрованием посредством vfs.
Использовал постраничное RCA шифрование. Ключ генерил на лету на основании кодовой фразы.
Внутри vfs шифрование осуществляется всех страниц, кроме первой. Т.к. к ней движок sqlite обращается очень часто для блокировки/разблокировки файла базы.
Потом уже дописывал исключение для журнальных файлов, мне их шифровать незачем.

Если руки не кривые — работы 2 дня + тесты автоматизировать под вашу задачу.
У меня БД не нагруженная и общая производительность приложения упала в пределах погрешностей измерения.

З.Ы. И еще — для детектирования что БД зашифрована на первой странице файла БД вставляю метку в неиспользуемую часть заголовка базы.

С помощью функции вы сможете зашифровать только отдельные поля в БД.
Причём придется эту функцию вставлять во все запросы, использующие шифрованные поля. Не очень удобно.

Правда с шифрованием всей БД есть свои минусы:
— накладные расходы на шифрование всякой служебной информации (можно было бы и не делать)
— в случае повреждения БД всю базу можно выкинуть.

Но в моём случае эти минусы не существенны.