Что значит как понимает? Вы сделали два раза одно и тоже.
Просто в начале Вы сказали что Counter() - это функция, а когда сделали так var counter = makeCounter(); - Вы сказали, что переменная counter - это функция, у которой есть свойство currentCounter
Я бы сделал так: ( хотя не совсем понял, что Вы тут пытаетесь сделать )
function setCounter ( Number ){
CurrentCounter = Number;
Number++;
return CurrentCounter;
}
alert( setCounter( 5 ) ); // 5
..., но это сработает, если я понял что Вы пытались сделать.