Квалифицированная ЭП может быть выдана только аккредитованным УЦ.
Аккредитованный УЦ должен быть отдельным юр.лицом и этот вид деятельности должен быть прописан в Уставе.
Либо занимайтесь организацией УЦ - а это немаленькие затраты, либо покупайте для клиентов квалифицированную ЭП в любом из УЦ, входящих в пространство доверия.
Подробнее о первом и втором - здесь
minsvyaz.ru/ru/directions/?regulator=118