Если взять эту библиотеку
https://github.com/rubenlagus/TelegramBots то очень просто. В
вики проекта все описано
....
// Set up Http proxy
DefaultBotOptions botOptions = ApiContext.getInstance(DefaultBotOptions.class);
botOptions.setProxyHost(PROXY_HOST);
botOptions.setProxyPort(PROXY_PORT);
// Select proxy type: [HTTP|SOCKS4|SOCKS5] (default: NO_PROXY)
botOptions.setProxyType(DefaultBotOptions.ProxyType.SOCKS5);
// Register your newly created AbilityBot
MyBot bot = new MyBot(BOT_TOKEN, BOT_NAME, botOptions);
botsApi.registerBot(bot);
...
я установил tor bundle и пустил бота через него
127.0.0.1:9150