Олег Краснов

Попробуйте так:
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^option=(.*)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ /? [R=404,L,NC]

Попробуйте так:

RewriteCond %{QUERY_STRING} ^(.*)$
RewriteRule ^/$ /? [L,R=301]

Надо так:

RewriteEngine On
RewriteRule ([^/]+)/?$ http://site.ru/$1 [L,R=301]

У меня это правило работает как на .html, так и на .css.
Возможно проблема не в .htaccess, а в файле /site/index.php.

У меня по вашим правилам преобразование выполняется успешно и с [L,R=302] и с [L].

Вот так:

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomen.site.com$ [NC]
RewriteRule (.*) http://www.site.com/$1 [L]

Знак вопроса является разделителем между URL и параметрами, и не является частью URL, с которым работает mod_rewrite.

RewriteCond %{QUERY_STRING} ^id=29$
RewriteRule ^index1.php$ /model_a1_2? [R=301]

RewriteRule ^page/$ page.html