С множеством гласных проходимся итератором по слову и находим индекс положения гласных до второй гласной и прерываем итератор.
Режем до второй гласной и добавляем точку.
При использовании прерывания итератора есть возможность ловить случаи которые прошли без прерывания (была только одна гласная).
vowels = 'aeuio'
shorts = []
for word in line.split():
__found_vowel = False
__for i, letter in enumerate(word):
____if letter in vowels:
______if found_vowel:
________shorts. append( word[:I] + '.' )
________break
______else:
________found_vowel = True
__else:
______ # В слове есть только одна гласная.
Можно еще добавить условие, что после второй гласной есть еще N количество букв.