Злоумышленник может отключить JavaScript. Все преобразования сто́ит делать с помощью серверных программ (например, написанных на PHP). На аудио лучше вручную накладывать звуки, чтобы не ухудшить смысловое качество аудиоролика. На видео можно накладывать водяные знаки, используя, например, пакет ffmpeg. Примеры можно найти, задав вопрос «video watermark php».