Премьер не вносит изменения в исходники. И с ними спокойно можно работать, если они на внешнем SSD (если там не какой-нибудь 8к с заоблачным битрейтом в h265). Также я не очень понял алгоритм ваших действий. Вы сначала перенесли данные на внутренний диск с внешнего, потом добавили их в проект премьера, а теперь собираетесь их с внутреннего диска удалить?