ИМХО, правильние будет сделать следующим образом:
1. Три домена (поддомена):
- site.com
- ua.site.com
- ru.site.com
При заходе на site.com htaccess'om все запросы перенаправлять на скрипт который будет определять страну и редиректить на соответствующий домен.
