Почему спросил про то, как вставляете данные — от этого очень большие различия будуте. Мелкое исследование было тут: forum.php.su/topic.php?forum=28&topic=4026&postid=1318871174#1318871174
Лучшую скорость инзертов показала толпа запросов, объединённых в один mysqli_multi_query. Правда, препарированные запросы некорректно сделаны были, теоретически они должны быть ещё чуть быстрее.
А толпа mysql_query в цикле — само собой куда медленнее.
