Вариантов может быть масса. Но, можно перепровериться и экспортнуть в EPS и SVG. Потом ипортируешь его обратно и смотришь, осталась бочина чи не. Если бочины нет — порешал. Если есть — экспорт в пдф (zip, без сжатия) и создаёшь новый проект и импортируешь пдфку.
Если и это не помогло — дублируешь слой, один объект растрируеш в 300 дпи, второй скрываешь или уносишь на оттедельны слой, блочишь его и скрываешь.
А почему такая бочина возникла так и не скажешь. Но думаю либо в группе мусор какойто либо с заливками интерактивными или интеллектуальными беда