После переустановки Windows тоже столкнулся с такой проблемой, новые репозитории не создавало и старые в проектах не видело (предлагало инициализировать новый, хотя в проекте уже была папка .git). Комментарий выше не помог т.к. все уже было прописано после установки самого GIT. Оказалось, что была добавлена новая опция для безопасности. Чтобы отключить её глобально можно прописать следующую команду: git config --global --add safe.directory "*" в терминал и должно заработать. Но рекомендую перед её применением ознакомиться для чего данная опция вообще была введена. Другие варианты для этой настройки можно посмотреть странице git

пс: вопросу больше года, но поиск сегодня привел меня сразу на эту тему, поэтому может кому-то тоже поможет.