Прошу прощения за задержку с ответами: были проблемы с авторизацией на Тостере.
SkiF_TLT, Sky4eg, вы совершенно правы. Тесты показали нам, что проблема заключалась в использовании несуществующей константы T_ML_COMMENT. Она есть в php4, но php5.3 при её вызове генерирует ворнинг. Как раз их генерация и увеличила работу скрипта на порядки.
Спасибо большое за советы! )