Nilard

Мне помогла настройка по подобным статьям:
www.pentarh.com/wp/2011/03/02/mysql-innodb-highload-optimization/
www.opennet.ru/base/dev/mysql_innodb_tune.txt.html

Производительность выросла в несколько раз, до этого были жуткие тормоза на большом количестве одновременных запросов, а с таблицами в несколько сот тысяч строк вообще еле-еле ворочался. Сейчас все летает. В принципе, достаточно несколько директив в my.cnf добавить.

В модуле drupal.org/project/domain есть все, что нужно. Конкретно вам нужен входящий в этот набор модуль Domain Content, позволяющий задавать для каждой ноды принадлежность к определенному домену, на других доменах эта нода отображаться не будет. Мультисайтинг с объединенными таблицами для этого случая смысла нет городить.