Скрытно стандартными средствами не получится. Есть только два варианта:
1. Использовать программу конвертер из bat в cmd, в настройках которой можно поставить invisible. Например Bat To Exe Converter
2. Запускать на исполнение не сам bat а программу, в которой в качестве параметра указывается bat сценарий. Программа скрывает консольное окно. Например cmdow, hidec, hidcon.