Как правильно (и в какой момент авторизации) задать параметризованные scope в ЕСИА?

Никита, да, все верно. Первый запрос для пользователя делаяется с использованием пользовательского scope, а второй со scope организации. Пример запросов есть тут: miac.volmed.org.ru/wiki/index.php/%D0%90%D0%B2%D1%...

Как правильно (и в какой момент авторизации) задать параметризованные scope в ЕСИА?

Никита Да, все верно.